Anna ủng hộ Báthory tiền bạc để sắm sửa nhiều loại vũ khí, nhưng từ chối kết hôn với per procura[21]. Ngày 28 tháng 2 năm 1576, Anna vào Kraków làm Nữ hoàng chính thức; Báthory chính thức đồng cai trị với Anna vào ngày 23 tháng 4[22]. Vào ngày 1 tháng 5, họ kết hôn và đăng quang tại Nhà thờ Wawel[23]. Anna buộc phải từ bỏ quyền kế vị ngai vàng, đổi lại bà nhận được khối tài sản sử dụng suốt đời và một khoảng chu cấp hằng năm của chính quyền là 60.000 đồng vàng[22]. Anna bắt đầu kinh doanh buôn bán từ mỏ muối Wieliczka và quan tâm đến khoản vay của mẹ mình cho Philip II của Tây Ban Nha (khoản vay chưa bao giờ được hoàn trả đầy đủ). Anna cũng chia sẻ mối quan tâm đó với em gái Catherine Jagiellon, nhưng dường như không mấy thân thiết.

Mặc dù chính thức kết hôn từ năm 1576, nhưng hai vợ chồng vua Ba Lan chưa có gần gũi với nhau vì nhà vua Stefan bận chiến dịch Livonia và tham dự cuộc họp của sejm ở Warsaw. Bà sống khép kín hơn trong ở Warsaw và Lâu đài Ujazdów, phải nghe những tin đồn về chồng có tình nhân mới - chồng có con ngoài giá thú. Những tin đồn trên làm Anna ngày càng xa lánh chồng mình, thậm chí còn tính gia nhập nhóm quý tộc chống chiến dịch Livonia của vua Stefan[24].

Mặc dù chỉ là vua trên danh nghĩa, nhưng Anna không quan tâm nhiều đến triều chính mà tham gia việc tái thiết Lâu đài Hoàng gia ở Warsaw và Cầu Sigismund Augustus[24]. Bà đã xây dựng Bridge Gate để bảo vệ cây cầu gỗ khỏi bị lửa thiêu rụi. Bà cũng đã hoàn thành Lâu đài Ujazdów do mẹ bà khởi đầu; nó có một công viên rộng lớn và một phòng thí nghiệm. Tại Nhà thờ Wawel, bà đã tài trợ cho việc xây tượng đài trước mộ của anh trai của bà là vua Zygmunt II của Ba Lan trong Nhà nguyện Sigismund (1574-1975 bởi Santi Gucci). Sau khi chồng bà qua đời, bà từ chối cho phép mai táng tại Nhà nguyện của Sigismund vì đó là sự trừng phạt cho những cuộc hôn nhân xa xôi, vợ chồng không nên tách rời trong cái chết[25]. Stefan Báthory được chôn cất trong Nhà nguyện Đức Trinh Nữ Maria[26]. Năm 1589, Anna lập bia tưởng niệm người chồng quá cố của mình. Cùng lúc đó, bà đã xây dựng nhà mộ của mình trong Nhà nguyện của Sigismund[24]. Anna cũng xây dựng ngôi mộ của mẹ mình là Bona Sforza trong nhà thờ Basilica di San Nicola ở Bari (1589–95)[27].